全国百姓复兴后，尼希米开始组织百姓，使全国团结起来。经过抽签，每十人有一人要定居耶城内，其余的则住在别的城邑里。他们跟着为城墙举行正式的奉献感恩会，圣职人员也各司其职，带领全国的敬拜仪式。一切都安排妥当了，尼希米便回波斯复告波斯王。经过差不多十二年时间（参2:1 及13:6），尼希米再回耶路撒冷时，发觉面目全非，以前所做的一切好像白费了。首先是管库房的祭司与坏人多比雅结亲，更为他预备了一所大房子，那本是用来收藏神殿之器具、素祭、乳香的。尼希米恼怒地将多比雅的家具掷出，将神殿所用一切搬回原处。其次百姓不奉献，导致利未人、圣职人员失业。百姓还犯安息日，在安息日作买卖，守城门的也不尽心尽力，更有犹太人与外族女子通婚，受她们引诱而犯罪，甚至祭司也如此，娶敌人参巴拉之女为妻，沾污祭司职责，违背神的吩咐。尼希米于是停止其供职，将他逐出。尼希米重新建立敬拜及建立人的生命。

【尼 13:14】我的神啊，求你因这事记念我，不要涂抹我为神的殿与其中的礼节所行的善。

《尼希米记》