当神子与十一个门徒进入客西马尼园后，犹大带了一队兵到园子去捉拿祂，然后将祂绑着去见大祭司，受大祭司岳父该亚法的审判。神子这时不独受世人凌辱，祂的门徒也离开祂，彼得三次不认主，独有约翰在整个过程中跟着看个究竟。第二天清晨，犹太人将神子押到彼拉多处受审。如路加一样，约翰也记载彼拉多曾三度宣告祂查不出主基督有什么罪来，但因怕犹太人骚乱，只好顺着他们的意思，出卖了自己的良心，将主交给兵丁戏弄及钉十字架。在神子被钉过程中，约翰所记的一些细节是其他福音书没有记载的，包括：
1.主将母亲马利亚交托给约翰，约翰将她接到自己家里去。
2.主临死前说“成了！”才将灵魂交给父神。
3.兵丁打断二个囚犯之腿，用枪刺主之肋旁，以证实祂是否真的断了气。
4.尼哥底母为主膏尸，然后才葬于暗中作主门徒的约瑟之坟墓中（参约 19章）。

然而，神的儿子是不能被罪拘禁的，一如祂所预言，第三天清晨祂复活了，祂的显现除去马利亚、彼得、约翰、多马及其他门徒的疑虑。约翰对主复活之情形观察入微，因他是目击证人，是他亲眼见到、亲手摸过的。空的坟墓中只有裹头巾及细麻布按原状的卷着。多马不信，主特地向他显现，又叫他伸手摸祂的钉痕（一如他怀疑时说的），致令多马降服等等，皆是约翰福音独有的。约翰强调记一切之目的： “但记这些事，要叫你们信耶稣是基督，是神的儿子，并且叫你们信了祂，就可以因祂的名得生命。”（参约 20:31）神子复活后，再给门徒一次打鱼的神迹，借此呼召、委托曾否认祂的彼得去爱主及牧养群羊，更预言彼得将来为主殉道。

【约 20:31】 但记这些事，要叫你们信耶稣是基督，是神的儿子，并且叫你们信了他，就可以因他的名得生命。

《约翰福音》